No es muy específica la pregunta!! jaja
Primero, trata de calmar los nervios y que no se traspasen a los auditados: ya para ellos es suficiente nervio que los auditen como para que un auditor nervioso les aumente la tensión.
La primera vez que hice una auditoría, lo primero que intenté fue estudiar, y harto: me leí toda la documentación del área que tenía que auditar, desde el mapa de procesos hasta el último instructivo. Creo que cuando empecé la auditoría, conocía los procedimientos (no los procesos) casi mejor que los auditados.
Y no te olvides que es muy importante agregar valor a la auditoría. Es decir, no basta con auditar la conformidad de los procesos con la norma y los procedimientos, sino que es importante además poder preguntar sobre la gestión que realizan (dificultades que han resuelto, opciones de mejora, acciones preventivas, etc.) En el fondo, mostrarles a los auditados, con sugerencias ponderadas y bien fundamentadas, que la auditoría es una instancia para mejorar sus procesos y no sólo un inventario de "las cosas que están haciendo mal".
Espero haberte ayudado.
Francisco